本作的故事，描述 CIA 察觉邪神一族的凶魔皇帝，打算夺取位于富士山麓隼之里的邪神像。邪神像自日本战国时代以来，便用于镇守富士山底下的大邪神和四鬼王的其中三位，一旦解除邪神像的封印，世界将回到人魔共处的乱世。CIA 意图阻止凶魔皇帝，但不知道隼之里领导人丈隼与龙隼父子的所在，于是派潜代号“索妮亚”的金发女特务展开调查。索妮亚在东京巧遇龙隼，并告知龙隼邪神一族的阴谋，但就在不久之后，位于隼之里的邪神像即被地蜘蛛忍者的头领幻心夺走。之后龙隼踏遍北美，威尼斯，俄罗斯，南美，将四鬼王打回地狱，再回到富士山进入“黄泉之路”彻底杀死四鬼王，并讨伐凶魔皇帝和大邪神，拯救世界。
TEAM NINJA 于发售前在 FAMI 通专访当中提到，本作的世界观是在前作的一年前，但是在游玩时，却能从许多场景或细节证实本作的世界观应该在前作的一年后，例如前作中死亡的角色，在本作中有出现该角色的墓碑。
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