与《洛克人通电》不同的是，Maverick Hunter X 是对 X 系列的重新启动，它对故事进行了许多更改，使其与原始时间线完全脱节。Keiji Inafune 的意图是完全重做 Mega Man X 系列的前六场比赛，但由于 Maverick Hunter X 的销量不佳，这个项目被终止了。 这些是系列其余部分连续性的一些例子忽略：
Cain 博士在多年前（而不是几个月）发现了 X，并且正在通过机械支持人为地延长他的生命以监督 Reploids。他还担心自己活不长了。在西格玛之日结束时，一枚导弹也摧毁了他在亚伯城的家——他就在里面（尽管关于该隐是否真的死了仍然模棱两可）。
Vile 的故事，除了他对 Sigma 将他从牢房中释放的闪回之外，仅被认为是“假设”场景，因为它与 X 的游戏相冲突。然而，西格玛“找回邪恶”的台词似乎预示着他在洛克人 X3 中的改造。
Light博士封X的理由与之前确立的版本完全不同。在最初的故事情节中，莱特博士将 X 密封在一个特殊的胶囊中，这基本上会考验他的道德操守，因为有必要确定 X 在他进入这个世界时最终是否会做出正确的决定。然而，在特立独行的猎人 X 中，Light 博士已经对 X 的道德诚信充满信心，但将他封印起来，因为他认为人类还没有为他做好准备。
Sigma 的性格与其他游戏完全不同。在这里，他痴迷于 Reploids 的进化（这在一定程度上反映了他在洛克人 X8 中的态度），并且着迷于 X 的潜力，而不是真正希望战胜人类。他甚至直接对Vile表示他打算去Maverick测试X的能力并发挥他的真正力量，并指示Vile帮助他煽动叛乱以帮助实现这一目标。因此，他似乎也是自愿去 Maverick 的，尽管他在释放 Vile 时声明他“需要一个可以[他]自愿去 Maverick 的人”在 Vile Mode 的开场中暗示这可能不一定就是这样。
同样地，他在最后一战前与 X 的互动与原版略有不同，他一直期待零的到来，并对他即将面对 X 感到有些恼火，最终在 Velguarder 的失败后意识到零可能已经选择 X 来对抗 Sigma 是有原因的，而在重制版中，他表现出真诚地期待 X 的到来，并希望他确实符合面对他的资格。
